Přes omezený čas k zajištění co nejrychlejšího vyplácení dotací po vstupu ČR do EU, se podařilo připravit administrativní postupy tak, že došlo jen k minimální chybovosti. V rámci HRDP bylo v letech 2004 až 2006 proplaceno na 45 tisíc žádostí, což představuje téměř 15 miliard Kč.

U všech případů neoprávněně vyplacených prostředků (celkem se jedná pouze o 339 tis. Kč) SZIF i Ministerstvo zemědělství ČR již zahájily přezkumná řízení.  

Vzhledem k rozsahu a složitosti administrativního systému podpor na plochu jsou výsledky kontroly oceněním úsilí České republiky při zavádění Společné zemědělské politiky po vstupu ČR do EU. Stejně tak to potvrzují i výsledky kontrol prováděných orgány Evropské komise, které doposud neměly k práci platební agentury SZIF žádné zásadní připomínky.

SZIF nyní prochází procesem reakreditace z důvodu nových podmínek pro programovací období 2007 až 2013. V těchto letech je připraven vyplatit žadatelům až 100 mld. Kč z Programu rozvoje venkova ČR, nástupce HRDP a Operačního programu Zemědělství.