Dotační programy pro rok 2009, které slouží k podpoře restrukturalizace a zvýšení konkurenceschopnosti českého agrárního sektoru musí podpořit Poslanecká sněmovna Parlamentu ČR současně se státním rozpočtem.
Dotační programy zemědělství pro rok 2009 obsahují programy, u nichž je kladen důraz na prvky agroenvironmentálního charakteru, například biologická a fyzikální ochrana jako náhrada chemické ochrany rostlin, podpora vybudování kapkové závlahy v ovocných sadech, chmelnicích, vinicích a ve školkách, podpora restrukturalizace ovocných sadů. Další programy jsou určeny na podporu ozdravování polních a speciálních plodin, programy zaměřené proti rozšiřování nebezpečných nákaz hospodářských zvířat a programy jako podpora včelařství, udržování a zlepšování genetického potenciálu vyjmenovaných hospodářských zvířat.
„V návrhu pro rok 2009 došlo k další stabilizaci spektra dotačních programů, pouze dotační program Podpora restrukturalizace ovocných sadů je rozšířen o podporu zakládání ekologicky pěstovaných sadů,“ uvedl ministr zemědělství Petr Gandalovič.
Nezbytnost zvyšování plemenné hodnoty hospodářských zvířat s ohledem na eliminaci šíření karanténních virových a bakteriálních chorob a chorob přenosných osivem či sadbou a v souvislosti s možnými dopady na aktuální nákazovou situaci ČR, je podle jeho slov možné pro rok 2009 považovat za velmi důležité realizace zejména následujících programů:
• Program podporující udržování a zlepšování genetického potenciálu hospodářských zvířat. Program zabezpečuje udržování a zlepšování genetického potenciálu vyjmenovaných hospodářských zvířat a umožňuje zvyšování plemenné hodnoty hospodářských zvířat.

• Program podporující ozdravování polních a speciálních plodin. Podporuje prevenci šíření karanténních virových a bakteriálních chorob a chorob přenosných osivem či sadbou. Podpora umožňuje zvýšení kvality šlechtitelské práce, následně pak zvýšení kvality genetického materiálu s vysokým výnosovým potenciálem s odolností proti klimatickým faktorům a chorobám jako jednoho ze základních pilířů rostlinné výroby.

• Program Nákazový fond umožňuje podporu na nezbytnou laboratorní diagnostiku a podporu vybraných činností souvisejících s plněním Národního ozdravovacího programu od infekční rinotracheitidy skotu. Podpora systému ozdravování chovů od nebezpečných nákaz hospodářských zvířat slouží jako základ pro eliminaci nemocných zvířat a prevenci rozšíření nákaz.

• Dotační programy Biologická ochrana rostlin a Podpora tvorby rostlinných genotypů s vysokou rezistencí (šlechtění), musely být z důvodu pochyb ohledně jejich slučitelnosti výrazným způsobem transformovány a notifikační proces těchto dvou podpor nebyl dosud ukončen. Existuje reálný předpoklad dokončení notifikace uvedených podpor do konce prvého čtvrtletí 2009.