Kontrolou jednotlivých podmínek, ke kterým se zemědělec podáním žádosti o dotaci zavázal, se ale nezabývá pouze SZIF. Zemědělce kontrolují i zástupci dalších státních orgánů.

Aby SZIF co možná nejvíce snížil administrativní zátěž žadatelů o dotace, a také aby nedocházelo ke zdvojeným kontrolám stejných pravidel, přenesl SZIF výkon části kontrol, které jsou ze zákona (nebo jiného legislativního předpisu) prováděny jinou kontrolní institucí, právě na tyto instituce. Tímto způsobem SZIF zajistil, že zemědělci nejsou kontrolováni na dodržování podmínek více jak jedním kontrolním orgánem. Stejně je tak zabezpečeno i jednotné posuzování plnění podmínek. Zaručen je tak i rovný přístup k žadatelům u kterých je odhaleno porušení některých podmínek – tj. i u těch, kteří nebyli v průběhu roku vybráni ke kontrole pracovníky SZIF, ale byli kontrolováni jinou kontrolní organizací.

Funguje to následovně: např. Státní zemědělská a potravinářská inspekce provádí kontroly ovoce, zeleniny, vína a jejich produktů, včetně laboratorních rozborů kvality na základě zákona č. 146/2002 Sb., o Státní zemědělské potravinářské inspekci (SZPI). Není tedy nutné, aby SZIF, který tyto komodity v rámci Společné organizace trhu (SOT) dotuje, prováděl stejné kontroly a zbytečně tak farmáře zatěžoval. SZIF si jednoduše vyžádá data od SZPI, což je možné na základě smlouvy o delegování činnosti.

V roce 2007 SZIF delegoval kontroly, respektive vyžádal si potřebná data, např. od následujících institucí:

Nevládní organizace KEZ o.p.s. (Kontrola ekologického zemědělství) provedla 120 kontrol u ekologicky hospodařících žadatelů o dotace z Horizontálního plánu rozvoje venkova (HRDP) a Programu rozvoje venkova (PRV).

Státní rostlinolékařská správa (SRS) uskutečnila 187 kontrol dodržování zásad správné zemědělské praxe u žadatelů o dotace z HRDP a kontrol dodržování obecných podmínek u žadatelů o dotace z PRV.

Státní veterinární správa (SVS) prověřila 894 hospodářství, zda je dodržována podmínka welfare hospodářských zvířat.

Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský (ÚKZÚZ) provedl 44 kontrol zásad integrované produkce u farmářů žádajících o dotace z HRDP a PRV.