Nově budou také preferovány klíčové sektory, jako je zpracování masa, ovoce, zeleniny a obilovin.

V návaznosti na usnesení vlády č. 141 ze dne 22. února 2010, které ministru zemědělství ukládá vytvořit v rámci resortních programů podmínky pro podporu regionů se soustředěnou podporou státu, bylo zařazeno nové kritérium zvýhodňující tyto regiony. Vzhledem k úpravám preferenčních kritérií byly optimalizovány bodové zisky stávajících, například bodové hodnocení za ekologické zemědělství a bioprodukci.
V opatření I.3.1 Další odborné vzdělávání a informační činnost bude v návaznosti na novelizaci evropské legislativy zaveden režim de minimis, a to pro projekty, které obsahují témata související s lesním hospodářstvím. Dále došlo k upřesnění a rozšíření některých způsobilých výdajů. Nově bude například podporováno ubytování v rámci exkurze. U větších vzdělávacích akcí byla podmínka minimálního počtu dvaceti účastníků na jedné akci zmírněna, to znamená, že nadále bude stačit splnění průměrného počtu patnácti účastníků na akci v rámci projektu. Podmínky tak reagují na praxi, kdy je účast na vzdělávacích akcích ovlivněna mnoha faktory, např. regionem, ve kterém je vzdělávací akce realizována.
Významnou změnou podmínek opatření I.3.4 Využívání poradenských služeb je zejména rozšíření dotovaných poradenských služeb, například o poradenství v oblasti optimalizace hospodaření podniku. Dále jde o zakotvení frekvence poskytování poradenské služby, která se bude odvíjet od potřebnosti například v návaznosti na změnu předmětné legislativy (zákonné požadavky na hospodaření, GAEC apod.). O dotaci na stejnou poradenskou službu tedy bude možné požádat pouze jedenkrát za programové období.
V opatření III.1.3 jsou kromě změn zmíněných výše navrhovány následující změny. Výdaje u záměru týkajícího se budování stezek byly rozšířeny o tištěné materiály propagující výstupy projektu a k ubytovacím zařízením byly zařazeny výdaje na základní wellness aktivity. Bylo zařazeno nové preferenční kritérium hodnotící komplexní charakter projektu a zvýhodňující žadatele, kteří jsou zároveň zemědělskými podnikateli s minimálně dvouletou historií, jako zvýhodnění skutečně hospodařících zemědělských podnikatelů. Dále došlo k navýšení počtu bodů za prodej ze dvora a umožnění získání bodového ohodnocení i těm žadatelům, kteří se zaváží, že podmínky udělení bodů splní až k podání Žádosti o proplacení. I v tomto opatření bylo nově zařazeno zvýhodnění regionů se soustředěnou podporou státu.