Evidenci hnojení vyžaduje zákon č. 156/1998 Sb., o hnojivech již od roku 1998. Způsob vedení evidence je častým námětem diskuzí na seminářích, součástí poradenských aktivit i předmětem sporů (zemědělci, kontrola, platební agentura, ministerstvo). Nejasnosti jsou hlavně ve způsobu vedení evidence a jejím předkládání ke kontrole, u evidování rostlinných zbytků a pastvy hospodářských zvířat.

Kontrola
Evidovat hnojení musí všichni zemědělští podnikatelé (podnikatelé v zemědělství), tedy fyzické i právnické osoby. „Nehnojení“ se samozřejmě neeviduje.
Kontrole (ÚKZÚZ, SZIF, ...) se předkládá roční výstup evidence hnojení. Informace o hnojení v dubnu 2006 tedy může kontrola vyžadovat až v lednu 2007. Pokud je evidence hnojení současně i podmínkou pro obdržení dotací, platební agentura (SZIF) kontroluje evidenci až od roku, kdy se žadatel o dotaci přihlásil.

Způsob vedení evidence
Do evidence se zaznamenává použití hnojiv, statkových hnojiv a pomocných látek, od roku 2004 i použití upravených kalů (odpad) na zemědělské půdě. 
Evidence se vede podle vzoru ve vyhlášce č. 274/1998 Sb., v platném znění z roku 2004. Nezáleží tedy na formě a vzhledu evidence, ale vždy musí být uvedeny všechny potřebné údaje. Při menším počtu pozemků se pro přehlednost hnojení v jednotlivých letech doporučuje systém jeden pozemek - jeden list. Při používání počítačových programů se pro kontrolní účely vytiskne roční výpis. Řazení údajů o hnojení může být:
• podle pozemků (kdo je v registru půdy, používá půdní bloky a díly, příp. jejich části) nebo
• podle plodin (např. výpis hnojení všech pozemků s hnojením pšenice) nebo
• podle doby (chronologický výpis veškerého hnojení v podniku). 
Na jednom pozemku (půdním bloku nebo jeho dílu) se může v jednom roce pěstovat více  plodin, hnojení tedy může být na jednotlivých částech různé.
Pozemek se nemusí záměrně hnojit celý, zejména v systému diferencovaného hnojení. Na základě zjištěných půdních vlastností se např. mohou organicky hnojit nebo vápnit záměrně jen některé části pozemku.
Hnojení se eviduje tak, že je směrováno ke stávající nebo následné plodině. 
Statková hnojiva od různých druhů hospodářských zvířat mohou být skladována a tedy i aplikována společně. Pokud nejsou k dispozici výsledky analýz, vypočtou se obsahy živin (příp. i poměr C : N) jako vážený průměr z tabulkových údajů.
U hnojiv se povinně evidují jen živiny, jejichž obsah je uveden na etiketě, příp. příbalovém letáku.
Pro rozlišení „minerálních hnojiv“ a „pomocných látek“ je důležitý výsledek registrace (viz. registr hnojiv na webové stránce www.ukzuz.cz). Přehled druhů hnojiv a jejich typů uvádí vyhláška č. 474/2000 Sb., o stanovení požadavků na hnojiva. Pomocnou látkou (= látka bez účinného množství živin) je „pomocná půdní látka“ nebo „pomocný rostlinný přípravek“.
Minerální jednosložková a vícesložková hnojiva s hlavními živinami a s přídavkem stopových živin (prvků) se uvádějí do části „Hnojiva (minerální)“ a současně i do části „Pomocné látky, stopové prvky“. Minerální hnojiva obsahující jen stopové živiny se uvádějí pouze do části „Pomocné látky, stopové prvky“. V této části se uvádí pouze název hnojiva a nikoliv obsažené stopové živiny.

Evidence pastvy
Statkovým hnojivem jsou i výkaly (pevné výkaly, moč) hospodářských zvířat na pastvě nebo při jiném pobytu na zemědělské půdě. Podle nyní platného výkladu MZe pro účely kontroly dotací (březen 2006) stačí do evidence zapsat jen „pastva“ nebo „paseno“ a datum („1.4.–30.9.06“). Může to být doplněno i o druh hospodářských zvířat („pastva skotu“). Kontrola si pak z pastevního deníku na základě doby pastvy a počtu kusů pasených zvířat vypočte přívod živin do půdy.
Odhad množství ponechaných výkalů a obsahu živin není povinný. Přes zimu se nejedná o pastvu, ale o „pobyt venku“ a na tento se nevztahuje omezení (sníh, promrznutí nebo převlhčení půdy) uvedené v § 9, odst. 2, písm. c, zákona o hnojivech.
Zanechání výkalů hospodářských zvířat na pastvě je považováno za „používání statkových hnojiv“, nikoliv však za „aplikaci statkových hnojiv“. Tento přívod dusíku se tedy nezapočítává do limitu 40 kg aplikovaného dusíku na 1 hektar pastviny, podle pravidel pro dotace na agroenvironmentální opatření.
Z hlediska nitrátové směrnice nejsou pevné výkaly ani moč zanechané hospodářskými zvířaty na zemědělské půdě vyjmenovány mezi „hnojivy s rychle uvolnitelným dusíkem“ a nevztahují se tedy na ně příslušná omezení a zákazy. Přívod dusíku do půdy tímto způsobem se však započítává do limitu 170 kg organického N živočišného původu na 1 hektar započitatelné zemědělské půdy podniku hospodařícího ve zranitelné oblasti.

Rostlinné zbytky
Statkovými hnojivy jsou i zbytky rostlinného původu (sláma, chrást, nať, atp.) a zelené hnojení, včetně meziplodin k zaorávce. V případě zapravení rostlinných zbytků stačí do evidence uvést jen druh a datum.