Změny, které nové nařízení vlády přináší, jsou promítnuty i do příslušných částí LPIS. Vzhledem k přelomovému roku 2012 bude v LPIS nitrátová směrnice zobrazena v rozlišení na „starou vrstvu“ platnou od 4.4.2008 do 31.7.2012 a „novou vrstvu“ platnou do 1.8.2012. Vrstva zranitelných oblastí dusičnany (ZOD) od 1.8.2012 obsahuje nově přidaná katastrální území (234 katastrálních území). Čtyři katastrální území ze ZOD naopak vypadla (okr. České Budějovice - Buková u Nových Hradů, Byňov, Těšínov a Údolí u Nových Hradů). Orientační mapu původního i nového vymezení naleznete v příloze pošty.
Mezi podmínky hospodaření na svazích v ZOD se nově začlenily stávající protierozní opatření zavedené v GAEC 2 (omezení hospodaření na plochách SEO a MEO). Současně však zůstává v platnosti podmínka zákazu pěstování širokořádkových plodin na plochách majících sklonitost nad 7 stupňů a zároveň vzdálených do 25 m od vody. Tato podmínka je součástí kontrolovaných bodů v cross compliance, a to v rámci jak nitrátové směrnice (SMR 4), tak i tzv. malé nitrátovky (SMR 5a), tj. platí i pro zemědělce hospodařící mimo ZOD mající alespoň jeden agroenvironmentální závazek. Protože se může vyskytnout situace, kdy se na půdním bloku/zemědělské parcele potkají podmínky omezení pěstování pro SEO, MEO, sklonitosti a vzdálenosti od vody, byly upraveny kódy označující jednotlivá protierozní opatření (přidán kód N1 označující omezení z nitrátové směrnice).
V návaznosti na nabytí účinnosti nařízení vlády č. 262/2012 Sb., došlo rovněž k řadě úprav v Evidenci použití hnojiv a přípravků (EPH). Změny se týkají zejména úprav kontrolních sestav (zákaz hnojení, omezení hnojení), dále došlo ke změnám povolených limitů přívodu dusíku k pěstovaným plodinám a rovněž se mění princip stanovení přepočtu dusíku. Rozšířeny byly také formuláře pro zadávání aplikací na parcele či areálů a způsob zadávání vlastních hnojiv.