ÚKZÚZ je pověřen Ministerstvem zemědělství, aby se ujal dozoru nad dodržováním závazků vyplývajících z evropské směrnice 2009/128/ES. Za tímto účelem byl zpracován kontrolní systém, jehož úkolem je zhodnotit úroveň plnění zákonné povinnosti dodržování zásad integrované ochrany rostlin (IOR). V současné době je k dispozici pouze kontrolní systém pro polní plodiny, do budoucna je však záměrem dobudovat systémy kontroly i pro další komodity. Nástrojem hodnocení je tzv. Kontrolní list, který obsahuje 20 otázek, za jejichž plnění je pěstitel hodnocen plným, zkráceným nebo nulovým počtem bodů. Otázky kontrolního listu jsou strukturovány dle vyhlášky č. 205/2012 Sb. o obecných zásadách integrované ochrany rostlin.

Zveřejněním veškerých informací vztahujícím se ke kontrolám IOR chce ÚKZÚZ podnítit pěstitele (profesionální uživatele přípravků) k tomu, aby si formou autokontroly prověřili své stávající pěstitelské technologie a zhodnotili úroveň plnění této povinnosti vyplývající ze zákona. Doplňující informace ke kontrole je možno nalézt v Průvodci kontrolním systémem.
V roce 2014 budou kontroly dodržování zásad IOR probíhat v závěru sezóny. Podmínkou splnění zákonné povinnosti je dosažení limitu 120 bodů (z maxima 350 bodů).